營業執照被吊銷店鋪已被清退是否要扣保證金？
不需要，營業執照被吊銷了,辦理注銷時不會罰款，但是被吊銷之前和被吊銷之后的稅務如果有逾期申報罰款的需要交清罰款和滯納金，如果有漏交的稅金需要把稅金和罰款交清。公司成立后無正當理由超過六個月未開業的或者開業后自行停業連續六個月以上的，有公司登記機關吊銷營業執照。
《企業法人登記管理條例》
第二十九條
企業法人有下列情形之一的，登記主管機關可以根據情況分別給予警告、罰款、沒收非法所得、停業整頓、扣繳、吊銷《企業法人營業執照》的處罰： (一)登記中隱瞞真實情況、弄虛作假或者未經核準登記注冊擅自開業的; (二)擅自改變主要登記事項或者超出核準登記的經營范圍從事經營活動的; (三)不按照規定辦理注銷登記的; (四)偽造、涂改、出租、出借、轉讓或者出賣《企業法人營業執照》、《企業法人營業執照》副本的; (五)抽逃、轉移資金，隱匿財產逃避債務的; (六)從事非法經營活動的。
違法所得全部清退,還罰款嗎？
沒法所得全部收回，一般都需要罰款。否則不足以起到懲戒作用。
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