學(xué)校前身是始建于1904年的云南蠶桑學(xué)堂。2002年，經(jīng)云南省人民政府批準(zhǔn)，由原云南省農(nóng)業(yè)學(xué)校和云南省畜牧獸醫(yī)學(xué)校合并組建云南農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院。2018年，云南省種畜繁育推廣中心、云南省種禽繁育推廣中心和云南省原種豬繁育推廣中心并入學(xué)院，并加掛云南省種畜繁育推廣中心。